La Réforme est adoptée dès 1550 par la quasi-totalité des habitants de Mialet.
En 1562 les protestants se réunissent dans une petite salle qui sert également de maison commune. Le premier temple de Mialet fut édifié après la destruction de l'église St André d'où les pierres furent extraites sur l'emplacement de trois chapelles dépendante du prieuré. Il s'agit de la chapelle des Bassins du Purgatoire, de la Confrérie et de la chapellenie (desservie par le chapelain). Mialet compte une famille catholique pour 360 familles protestantes ce qui en 1613 permet à la cour des Comptes de Montpellier d'autoriser les habitants de Mialet à lever impôt de 600 livres pour réparer et agrandir le temple. En 1647, il fait 140 mètres carrés et possède un clocher. En 1685, lors de la révocation de l'Edit de Nantes, il est détruit, à l'exception de son clocher, par jugement du Présidial de Nîmes du 31 août qui ordonne..."la démolition du temple de Mialet, interdit la R.P.R. (religion prétendue réformée) et condamne la communauté à 200 livres d'amende". L'église St André est alors reconstruite avec les matériaux du temple et sera achevée en 1688. N'étant pas considérée comme lieu de culte, la maison commune n'est pas rasée et la cloche continue à rythmer la vie du village jusqu'en 1733, date à laquelle fut terminé le clocher de l'église. Sous l'Empire, les protestants sont autorisés à célébrer leur culte dans l'église Saint André jusqu'en 1815 mais sollicitent la permission de reconstruire un temple sur les ruines de l'ancien. La reconstruction du temple du attendre plus de 150 ans et ce n'est que le 2 avril 1837 que le nouveau temple fut inauguré.

La particularité de ce temple est sa forme intérieure octogonale qui à l'origine devait permettre à l'assistance de se disposer en rond autour de la chaire et de la table de communion.
Cette disposition est conforme à celle des tous premiers édifices du culte protestant. Elle est significative de l'absence de hiérarchie au sein du protestantisme. La forme octogonale aurait de plus un sens symbolique : pour certains les sept premiers côtés désigneraient les sept jours de la semaine et le huitième aurait pour fonction de sensibiliser à la recherche et à l'accueil de l'Esprit, pour d'autres, les sept premiers côtés représenteraient les béatitudes, mais que représente le huitième côté ? Peut-être le royaume de Dieu. La couronne de l'édifice percée de fenêtres permet à la lumière de descendre sur les fidèles comme venant du ciel. L'éclairage électrique dirigé vers la voûte blanche de la couronne a été aussi prévu pour rendre le même effet.
Après la révocation de l'Edit de Nantes, le pouvoir royal qui voulait éradiquer la religion protestante fit payer un lourd tribut aux habitants de Mialet. Sous la pression des dragons du Roi, une grande partie des protestants de Mialet abjurent devant le prieur. Cette conversion n'est qu'apparente et c'est le début de la période du "désert" avec les assemblées clandestines dans des lieux écartés pour y célébrer le culte. Plusieurs sont surprises par les dragons et les peines vont de la lourde amende à la condamnation aux galères ou l'exécution. Le 23 mars 1703, 670 personnes restées fermes dans leur foi protestante ainsi que des catholiques les ayant soutenus, furent déportés vers les prisons royales de Perpignan. Sur la façade du temple, une plaque commémore cette sinistre la déportation.

Extraits des écrits de Micheline Chlepko (Petite histoire de l'Eglise Réformée de France de Mialet) 

LA PLAQUE DE LA DEPORTATION 

Le Maréchal de Montrevel, Gouverneur militaire du Languedoc pense que la rigueur amènera les rebelles à cesser la combat ; il utilise les incendies des villages (le brûlement des Cévennes est généralisé en novembre 1703). Quelques jours après Mialet, le village de Saumane, dans la vallée borgne, subiront le même sort. L'ordre est donné de déporter la population et, en même temps, de rassembler des denrées alimentaires (châtaignes, charcuterie, vin et huile) à Saint Jean du Gard, afin que les Camisards ne puissent se ravitailler.
La raison invoquée pour déporter la population est que personne n'a informé les chefs militaires de la présence prolongée à Mialet de la troupe de Pierre Laporte, dit Roland. La troupe de Roland avait été, au début du mois de mars, détruite à la bataille de Pompignan ; le bruit avait couru que Roland était mort ; bien que décimés, Roland et les siens avaient manifesté leur détermination au combat en brûlant l'Eglise de Durfort ; et qu'en les poursuivant, les troupes étaient arrivées dans le village de Mialet, il n'y avait plus que les restes de leur campement.
Toute la population, Anciens Catholiques (A.C.) compris, vont être punis par représailles.
Julien, qui commande le détachement militaire présent dans la région, est en fait Général de brigade (= brigadier) ; il réside à Saint Jean du Gard et il est connu pour son zèle de nouveau converti (N.C.). Il est d'autant plus haï, (on le nomme Julien l'Apostat), que l'on sait qu'il est le petit fils du Pasteur d'Orange.
La "ruse" dont il est question sur cette plaque consista à rassurer la population avant de la rassembler pour l'envoyer en déportation. Les troupes sont là pour les protéger, disent-ils. Le 27 au soir, un petit détachement est envoyé dans chacun des sept hameaux qui constituent la commune avec Mialet (Paussan , Luziers, les Puechs, les Aigladines, Brugairole, Aubignac, le Mas Soubeyran). Les chefs de ces détachements ont l'ordre de ne rien dire jusqu'au matin où ile conduisent à la même heure, tous les habitants devant l'Eglise Saint André de Mialet. C'est là qu'ils sont rassemblés et attachés.
670 habitants : A cette époque, la population est plus importante, mais les jeunes ont rejoint les Camisards ou se cachent par peur.
"Restés fermés dans leur foi réformée" : depuis 1685, date de la révocation de l'Edit de Nantes, les protestants restés au pays ont été contraints à l'abjuration : Officiellement, ils sont catholiques, mais, en secret, ils sont restés protestants (les assemblées au "Désert", puisque leur Temple a été rasé, et la lecture de la Bible demeurent interdites).
La cohorte des 670 habitants mialétains enchaînés part vers Anduze, Montpellier et Palavas où ils sont embarqués vers les trois prisons de Perpignan. Leur réclusion, pendant laquelle une centaine de prisonniers moururent, dura une année environ avant le retour dans des maisons et des champs ruinés.

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